생물다양성보존노력의일환으로샹그릴라는자연보호프로젝트인Sanctuary를시작했습니다.

샹그릴라막탄리조트스파세부의샹그릴라막탄해양보호구역은2007년에공식적으로지정되었습니다. 이보호구역의넓이는리조트의해안에서60,000평방미터에달하며 160종의물고기, 조개, 산호등이서식하고있습니다.

리조트의임직원은해변청소, 다이빙청소및산호초회복프로그램에정기적으로참여하고있습니다. 바닷속에2대의배를설치하여산호와물고기가번식할수있도록인공어초를만들었습니다.

샹그릴라해양보호구역은Amores Charities, Inc.와 Scotty's Action Sports Network가협력하여관리하고있습니다.