プトラジャヤの中心には、プトラジャヤ湿地帯とプトラジャヤ湖があります。約6.5平方キロメートルに広がるプトラジャヤ湖は天然の冷却システムとして、また、リクリエーションの場や水上交通の盛んな湖として知られています。

また、プトラジャヤ湿地帯は、プトラジャヤ湖に汚染された水が流れ込まないよう、ろ過フィルターの役割をはたしています。