客房
马尼拉艾莎香格里拉大酒店在两座翼楼-国际化的塔楼翼（Tower Wing）和充满热带风情的花园翼（Garden Wing）共设有632间豪华宽敞的客房及套房。所有房间都采用了极具亚洲特色的装饰，还可欣赏到美丽的热带还原景色和现代城市风采。
豪华阁
豪华阁客房为公务繁忙的旅客提供更体贴入微的服务、更舒适方便的环境，还可享受位于花园翼14层的豪华阁贵宾廊专享服务及设施，例如延迟退房时间、免费无线上网、私人礼宾员等。
套房
马尼拉艾莎香格里拉大酒店的套房宽敞舒适，极具当代亚洲特色。所有套房均配备大屏幕电视机可以播放有线电视频道、DVD和立体声音响系统，iPod基座，还可享受豪华阁贵宾廊专享服务及礼遇。部分套房提供单独的起居室、书房或用餐区。